La tradicional bibliografia amb referències a documents en suport de paper ha deixat pas a una gran varietat de referències. Aquestes poden ser de tipologia i procedència molt diferents: al costat dels llibres i revistes tradicionals, apareixen ja multitud de referències a documents electrònics: pàgines web, blogs, wikis, recursos multimèdia… La ciència 2.0 ofereix eines especialment pensades per a gestionar-les adequadament i compartir-les de forma eficaç. Entre aquestes trobem, essencialment: